Los Datos generados usando tecnología de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA del microdroplet como método del enriquecimiento están determinado bien adaptados para realizar estudios serie-basados de la asociación, según un papel publicado hoy por los investigadores en el Instituto De Translación de la Ciencia de Scripps, la Universidad de California, la Facultad de Medicina de San Diego, y RainDance Technologies, Inc.
El estudio, llevado por Kelly A. Frazer, Ph.D., Profesor de la Pediatría y Jefe, División de Ciencias de la Información del Genoma, Departamento de Uc San Diego de la Pediatría, las ventajas de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA evaluada del microdroplet en la ejecución del enriquecimiento de la serie para la secuencia apuntada sobre la aproximación tradicional oro-estándar de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA. “Estas ventajas traducidas a una eficacia mucho más alta de la secuencia y a una manera mucho más de poco costo de hacer estudios de población,” Frazer dijo, en el comentario sobre el papel.
Dado Derecho “Microdroplet-Basó el Enriquecimiento de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA para la Secuencia Apuntada En grande,” el papel fue publicado hoy en el Web Site de la Biotecnología de la Naturaleza en el enriquecimiento Microdroplet-Basado de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA para la secuencia apuntada en grande: Extracto: Biotecnología de la Naturaleza (www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/abs/nbt.1583.html) y aparecerá en la aplicación de Noviembre el alimentador.
“Creo que esta nueva tecnología será utilizada para estudiar los apuntalamientos básicos de enfermedades y entender sus causas originales,” dijo a Eric J. Topol, M.D., Director del Instituto De Translación de la Ciencia de Scripps y de un co-autor. “Por ejemplo, ahora la estamos utilizando para entender las causas de la anorexia nerviosa. También podemos utilizar la tecnología para comprender la reacción de una enfermedad a una terapia o para determinar los efectos secundarios de una droga. Incluso podemos emplearla para estudiar el proceso sano del envejecimiento. Éstas son todas las aplicaciones para la POLIMERIZACIÓN EN CADENA del microdroplet que nos ayudará a entender los aspectos vitales de la salud humana y de la enfermedad,” dijeron al Dr. Topol, en el comentario respecto al papel.
El papel dijo eso para realizar eficientemente estudios de secuencia sobre la base de la población usando la siguiente-generación que ordenaba las plataformas, él es importante poder examinar simultáneamente un gran número de series apuntadas. “Estos resultados indican que incluso cuando simultáneamente amplificar 3.976 apuntó series, la POLIMERIZACIÓN EN CADENA del microdroplet genera una alta relación de transformación de la serie de la meta a la serie de los antecedentes,” a los autores dijeron. El estudio concluyó que la calidad de los datos es independiente del número de amplicons. Un camino a escalar a 20.000 amplicons mientras que el alto rendimiento que mantenía también fue demostrado.
Los autores del papel dijeron el proceso de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA del microdroplet demostrado ser extremadamente eficientes, con más de 99,6% de todos los amplicons que eran acertados y con la amplificación altamente reproductiva de series apuntadas entre las muestras. Los datos también mostraron que equivalente la llamada exacta de SNP se puede realizar usando la POLIMERIZACIÓN EN CADENA del microdroplet si la DNA unamplified o el entero-genoma amplificado de cantidades del nanogram. La tasa de error diagonal alélica de aproximadamente 0,1% dio lugar a pocas variantes sabidas que se llamarán incorrectamente, atestiguación adicional a la robustez del proceso.
“Nos crearon una diferencia de potencial con como de bien la tecnología trabajada,” dijo al Dr. Frazer. “Comparó a otros tipos de enriquecimiento de la serie, nosotros podían generar el mayor cubrimiento uniforme de series apuntadas. Además, los problemas que encontramos típicamente con la POLIMERIZACIÓN EN CADENA estándar, tal como diseño difícil de la pintura de fondo y el alto polarizado alélico, no fue observado con el flujo de trabajo microdroplet-basado de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA.”
La “secuencia apuntada Eficiente será crítica como los investigadores estudian la variación genética en poblaciones grandes para determinar las causas del cáncer y de otras enfermedades complejas,” dijo a Christopher McNary, Presidente y Director General, Tecnologías de RainDance. “Este estudio confirma que nuestra plataforma microdroplet-basada del RDT 1000 innovadores puede detectar números substancialmente más elevados de variantes en las series apuntadas que el hibridación solución-basado o antenas moleculares de la inversión. Esta plataforma provee de científicos una excitación y la nueva tecnología altamente efectiva que acelera la investigación en las causas de estas enfermedades devastadoras,” dijo a McNary.
Para ver el papel, visite el enriquecimiento Microdroplet-Basado de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA para la secuencia apuntada en grande: Extracto: Biotecnología de la Naturaleza (www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/abs/nbt.1583.html) o ve la aplicación De noviembre de 2009 la Biotecnología de la Naturaleza: “Microdroplet-Basó el Enriquecimiento de la POLIMERIZACIÓN EN CADENA para la Secuencia Apuntada En grande.” Autores: Ryan Tewhey1,2, Jason Warner3, Masakazu Nakano1,4, Brian Libby3, Martina Medkova3, Patricia David3, Steve Kotsopoulos3, Michael Samuels3, J. Brian Hutchinson3, Jonatán W. Larson3, Eric J. Topol1, Michael P. Weiner3, Olivier Harismendy1,4, Jeff Olson3, Darren R. Link3, y Kelly A. Frazer1,4. DOI: 10.1038/nbt.1583.