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Le Modèle Novateur Fournit des Analyses Neuves dans l'Ordonnancement de Nanopore

Published on November 9, 2012 at 6:46 AM

Pendant Que la nanotechnologie progresse, il devient de plus en plus important de connaître en détail la dynamique du nanoworld (le monde à l'échelle d'une millionième d'un mm). Que se produit, par exemple, quand nous essayons de conduire un polyélectrolyte (une longue chaîne des molécules électriquement chargées, telles que l'ADN) par un nanopore si les noeuds font bloquer le procédé de translocation ?

Ce n'est pas une question inutile, parce que maintenant un ADN neuf ordonnançant la méthode pour analyser électrochimique chaque monocaténaire en la pilotant par un nanopore, est développé. Puisque ces torons tendent à embrouiller s'ils sont très longs, Angelo Rosa de l'École Internationale pour des Études Supérieures et ses collègues s'est mis à étudier la dynamique de cette translocation théoriquement, en effectuant une simulation.

Le modèle choisi par les scientifiques a prouvé que le bourrage n'est pas provoqué par la simple présence du noeud, mais par la relation entre la friction et la force appliquée pour piloter la molécule dans l'espace vide. « Le résultat n'est pas aussi évident si comparé à ce qui se produit à un macro niveau, » a expliqué Cristian Micheletti, chercheur à SISSA et un des auteurs du document publié dans les Lettres Matérielles de Révision. Les « Noeuds introduisent une friction pertinente qui des augmentations avec la force et les tractions appliquées le polymère à l'autre côté du nanopore. La Translocation est seulement arrêtée au-dessus d'une force de seuil ».

« Selon ce que nous avons observé dans la simulation, pour éviter l'obstruction du pore et l'arrêt de la translocation, la force appliquée devrait être réglée, sans tirer excessif » Rosa expliqué.

Cette étude est juste une première étape. Pour les petits groupes quantitatifs à des examens plus en profondeur de ce procédé (ce qui est ce seuil et la façon dont la force devrait être mesurée à l'extérieur pour maximiser l'efficacité de cette méthode de ordonnancement) sera nécessaire au théorique (le modèle développé par Rosa, Di Ventra et Micheletti est mesoscopic, non atomistique) et au niveau expérimental.

Plus en détail…

Nanoporesequencing est une technique novatrice, une alternative à des méthodes plus traditionnelles telles que la CD. Cette méthode concerne séparer les deux torons de nucleobase qui composent le double hélix de l'ADN et de les analyser un. Chaque toron est piloté par un nanopore pendant que les variations électriques de la translocation sont enregistrées. C'est une méthode électrochimique : l'altération dans le champ électrique fournit l'information sur la composition chimique de la molécule pilotée par le pore et la composition est ainsi reconstruite. Cette méthode a donné Jusqu'à présent de bons résultats avec les Fragments d'ADN courts, alors que des difficultés ont été rencontrées pour les plus longues, à cause des noeuds. C'est pourquoi les études telles que Rosa, Di Ventra et Micheletti sont une étape importante pour augmenter son efficience.

Source : http://www.sissa.it

Last Update: 9. November 2012 07:29

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