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Posted in | Nanomaterials | Dendrimers

在計算化學工具的研究員工作用於大海巨型計算機

Published on April 28, 2010 at 4:40 AM

他們不可能等待執行計算化學在百萬之四次方計算每秒。

但是計算能力驅動三愛荷華州立大學和艾姆斯實驗室研究員的它不是所有,當他們開發計算化學在 petascale。 驅動他們的項目是這個能力運行複雜計算,并且改善科學。

「Petascale 功率對於準確性是必需的」,衣阿華狀態助理教授說莫妮卡 Lamm,美國能源部的化工和生物工程和關聯科學家學習複雜分子捆綁的艾姆斯實驗室。 「現在我們必須使用是較不準確和較不可靠的方法」。

特里薩 Windus、化學衣阿華狀態教授和關聯艾姆斯實驗室,說更高計算能力在她的大氣微粒的研究中將產生大變化: 「這允許我們取得我們以前從未有的結果」。

新和被改進的計算能力的來源是大海,被發展作為伊利諾伊大學共同努力爾般那平原、其國家超級電腦應用中心, IBM 和大湖財團的 Petascale 計算的,包括衣阿華狀態的巨型計算機。

當它在線在 2011年時,來大海預計是在世界的最強大的巨型計算機開放科學研究的。 它將是持續一 petaflop 性能的其種類第一個系統 - 每第二的一百萬之四次方計算在科學和工程應用的範圍。

大海由國家科學基金會和伊利諾伊大學支持。

衣阿華狀態研究員 Lamm、 Windus 和標記哥頓,著名的教授和弗朗西絲 M. 化學、艾姆斯實驗室實驗室的應用數學和計算科學程序的高級化學家和主任的克雷格 Chair,導致衣阿華狀態的工作開發可以被稱至 petascale 計算系統的計算化學軟件。 研究小組也包括 Masha Sosonkina,附屬副教授計算機科學,電子和計算機工程和艾姆斯實驗室科學家; 并且 Brett 預示,大海的軟件開發經理設想在國家超級電腦應用中心。

研究員的工作由授予超過 $1.6 百萬支持從國家科學基金會。

衣阿華狀態研究員工作按比例提高計算化學軟件編碼為在大海和其千位的使用並行處理器和高速連接數的二。 (「您僅僅不放 CD 到計算機,并且命中安裝」, Windus 說。) 其中一個編碼稱 GAMESS 和由哥頓的在艾姆斯實驗室和衣阿華狀態的研究小組開發; 其他是 NWChem, Windus 是線索開發員,當她是在美國能源部和平的西北國家實驗室在 Richland,華盛頓。 大海的計算能力預計幫助這個軟件更好傳送,更加準確的答復到太計算上需求執行與當前研究工具的全方位計算的三個特定研究問題。

Lamm 學習 dendrimers (與許多分行的大聚合物) 如何束縛對配合基 (束縛以其他分子形成更大的複雜) 的更小的分子。 對捆綁的更好的瞭解在健康技術能有應用例如藥物發運和水處理。

Windus 學習在氣氛的濕劑,并且微粒子如何增長在這個分子級別。 她說對濕劑的更好的瞭解對瞭解氣氛的化學是重要。 她為這個研究使用 NWChem。

因為其工作情況的許多方面沒有很好瞭解,哥頓學習水分子動力學。 要執行他的研究,他使用允許研究員調查一個大分子系統通過分裂它片段的一個計算方法。 那允許研究員做更加快速的計算,當維護準確結果時。 這個方法只是可用的在哥頓和他的研究小組開發的 GAMESS 計算化學工具。

Lamm 說她希望大海項目將幫助衣阿華指明研究員移動前面他們的項目。

「計算化學的問題有是的要求什麼計算能力是可用,并且如何可以我們簡化計算機的科學」,她說。 「現在我們有一個機會執行我們的問題正確的方式」。

來源: http://www.iastate.edu/

Last Update: 25. January 2012 20:04

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